Perguntas NF de Entrada com destaque de desconto

Bom dia,
Alguém poderia me ajudar, quando chega uma NF no departamento de compras com desconto no corpo da NF, é lançado no pedido o valor total dos produtos sem considerar o desconto pois se trata de um desconto incondicional. Só que o sistema não consegue fazer o % do desconto para cada produto que vem na nota fiscal, alguém tem esse tipo de problema ? Pois se eu não considerar o desconto o meu custo está ficando a maior, ou até mesmo quando o fiscal vai classificar está caindo como um desconto financeiro e afetando o contábil e no caso não deveria.
Agradeço desde já.

Tiago Brandão