Perguntas faturamento em conjunto

Emerson bom dia, existe sim, na opção de faturamento, documentos de saida, assim que marcar todos os itens destes pedidos clique em preparar documentos e no parametro Aglutinar Pedidos Iguais deixe Sim, porém existe uma regra:

Todos os pedidos deverão ser do mesmo cliente/Loja, possuir o mesmo código de transportadora e mesma condição de pagamento, lembrando também que a condição de pagamento não poderá ser do tipo 9.

Abraços.

Não entendi muito bem sua primeira pergunta:
"Para utilizar essa rotina, preciso que o pedido ainda não tenha sido preparado. Se não o preparo, como o produto vai sair do estoque para futura conferência?"

Em relação a segunda, não vai sair não, precisa customizar.

Vamos lá Emerson,

O Pedido só estara na rotina de preparação de documentos assim que é finalizado e liberado, credito e estoque.
Neste momento apenas é reservado o estoque ele não baixa nada, apenas efetua a baixa quando gera a nota fiscal.

Se conferir o estoque o saldo atual do produto continuará o mesmo, porém irá aparecer o saldo reservado.

Bom acho que é isso né ?