Perguntas DARF

Bom dia, eu uso o Controle de DARF, aonde gero uma única DARF, da empresa e filial.
Depois disso fazemos a liquidação dessa DARF para gerar um título para apgamento, porém tem algum problema que a rotina apenas baixa o título da matriz, a filial ele não atualiza o FI9, alguém já passou por esse problema? A TOTVS diz que funciona normalmente, mas aqui isso não acontece.