Perguntas Baixa Almoxarifado x CT2

Estou com uma duvida quanto a movimentação dos produtos do
almoxarifado. Quando é rodado a rotina de Baixa Pré requisição, esta
movimentação (baixar estoque) não deveria ser gravada na tabela
CT2 ?

Hoje do jeito que esta aqui na empresa o produto entra se faz o
documento de entrada e já é gravado na CT2, porem ele grava a
entrada total e já a Saida total.

Gostaria que a cada movimento do armazém fosse gravado , não
tudo de uma vez.

Como devo fazer?

Alguem...??